Het geologisch tijdvak Weichselien of Weichsel Glaciaal, ook wel bekend als de laatste ijstijd, duurde van ongeveer 50.000 tot 10.000 jaar voor Christus. In die periode is de temperatuur gelijdelijk met wat schommelingen gestegen. Tijdens het Weichselien zakte de zeespiegel tot ongeveer 30 meter onder het huidige zeeniveau en lag het gebied in een uitgestrekte delta met een kuststrook, die liep van Schotland tot Noorwegen. De laatste 12.000 jaar steeg de zeespiegel en liep het Noordzeebekken weer onder water.
Toen ongeveer 7.000 jaar geleden de verbinding tussen Engeland en Frankrijk weer werd doorbroken, ontstond mede ten gevolge van de rivierafzettingen een strandwal, die zich uitstrekte van Calais naar Denemarken. Deze strandwal, waarop de dorpskern van Voorburg is gelegen, vormt de zuid-oostgrens van de huidige Veen- en Binckhorstpolder. Door het wijzigen van de stroom langs de kust ontstonden nieuwe strandwallen. De grote strandwal waarop het Haagsche Bos is gelegen, vormt de noord-westgrens van de polder. Achter de duinenrijen ontstonden grote veengebieden. Het gebied werd regelmatig overstroomd door de rivieren en door de zee die door de duinenrij heensloeg.
Ongeveer vanaf het jaar 1.000 begon men op een meer systematische wijze het land in cultuur te brengen. Om het water op een doelmatige wijze te beheren ontstonden in het begin van de twaalfde eeuw de waterschappen. De Veen- en Binckhorstpolder viel onder het waterschap, dat tegenwoordig het Hoogheemraadschap Delfland is.
Door de aanleg van kaden en dijken en het behouden en onderhouden van de aaneengesloten duinenrij probeerde men het in cultuur gebrachte land te beschermen. Voor de afvoer van het water werden sloten en kanalen gegraven. Met stormvloeden liepen echter toch regelmatig grote stukken land onder water. Om dit tegen te gaan en Delfland te beschermen voor het hoger gelegen waterpeil van Rijnland, besloot Graaf Willem III in 1324 een waterscheiding (dit wordt nog steeds abusievelijk ‘landscheiding’ genoemd) aan te laten leggen op de grens van Rijnland en Delfland. Deze dijk vormt de noord-oostgrens van De Veen- en Binckhorstpolder. In 1345 werd de Haagsche Vaart gegraven die liep vanaf het Binnenhof en het Spui, naar de Vliet. Den Haag was nu dus beter over het water bereikbaar. De nieuwe vaart werd ook de Haagsche Vliet of Trekvliet genoemd, en vormde de zuid-westgrens van de polders. De totale oppervlakte van deze polders bedroeg ruim 1024 ha.
Door het rijzen van de zeespiegel en de turfwinning kreeg men steeds meer problemen met de natuurlijke afwatering. Door het graven van sloten en weteringen vanaf de Landscheiding naar de Haagsche Vaart trachtte men het water effectiever en sneller af te voeren.
In 1442 werd besloten langs de Haagsche Vaart een kade aan te leggen en door middel van sluizen het waterpeil beter te beheersen. Dit gebeurde door bij lage waterstand in de boezem (de Haagsche Vaart) de sluizen open te zetten, zodat het water op eennatuurlijke manier werd geloosd.
In het begin van de vijftiende eeuw (in 1407) was de eerste vermelding van een windmolen, die door middel van een scheprad het water uit de polder kon malen. In 1446 werd aan de Haagsche Vaart een poldermolen gebouwd, die de Veenmolen werd genoemd. Omdat deze molen niet in staat bleek alleen de gehele polder te bemalen, werd in 1461 nabij het kasteel de Binckhorst een tweede molen gebouwd, die de Binckhorstmolen werd genoemd. Deze beide molens hebben ruim anderhalve eeuw voor een goede waterhuishouding van de polders gezorgd.
In het begin van de zeventiende eeuw bleek het functioneren van de Binckhorstmolen onvoldoende om de percelen achter in de polder goed droog te houden. In 1621 werd daarom in het midden van de Binckhorstpolder nabij de Broeksloot een nieuwe Binckhorstmolen gebouwd, de huidige molen De Vlieger. Het poldergebied werd echter niet goed bemalen, en in 1626 werd de Veenmolen vernieuwd. Dit had niet het gewenste resultaat zodat in 1654 in het midden van de Veenpolder langs de Scheyngh Watering een derde molen werd gebouwd, die de Nieuwe Veenmolen werd genoemd. De drie molens hebben tot de bouw van het stoomgemaal in 1872 gezamenlijk gezorgd voor de waterhuishouding van de polders.
Ook op bestuurlijk niveau veranderde er in het eind van de negentiende eeuw het een en ander. In 1879 werden de Veenpolder (een samenvoeging van de Bezuidenhoutse- en de Boven-Veenpolder) en de Binckhorst- of Binnenpolder verenigd onder de naam van Veen- en Binckhorstpolder. Ten gevolge van de verstedelijking van de polders in de tweede helft van de twintigste eeuw werden grote delen van het gebied voor de afvoer van het oppervlaktewater aangesloten op de riolering. Bovendien werd de capaciteit van het gemaal door electrificering van de aandrijving in 1942 sterk vergroot. Dit had tot gevolg dat de twee nog overgebleven molens niet langer een bemalingsfunctie hadden, maar slechts in nood behoeven te malen. Dit is tot op de dag van vandaag zo gebleven, waardoor beide molens zijn bewaard gebleven.